基於蛋白質立體結構的藥物設計，在特性面及在功效面上應該都算是最穩健的藥物開發法。由於藥物的目標複雜化的緣故，此方法的使用還是有所限制。但是從最近的成功案例來看，此方法的使用，的確幫助很多整體性或部分性醫藥品的成功研發。
專門針對醫藥及生化科技領域進行市場調查的美國調查公司 Drug ＆ Market Development Publications〈總公司：麻州〉，調查與分析基於蛋白質立體結構的藥物設計狀況，並有系統地出版綜合報告書 "Structure-Guided Drug Design: Rediscovering the Importance of Drug Structure for Drug Discovery "。
此報告書使用包括 140 張圖表、23 家企業的分析情報在內的 500 頁篇幅，除了說明藥物開發成功關鍵的結晶學、資訊學的有效性；也探討基於蛋白質立體結構的藥物設計的經濟性。此報告書的概略架構如下所示。
1. 摘要
2. 藥物開發狀況
- 藥物開發循環
- 藥物開發上的目標
3. 賀爾蒙與受體
- 賀爾蒙的分類/受體分析技術
- 再製造醫藥品
4. 綜合物的急速增加與高通量的必要性
- In Dustrio 藥物開發的概念
- 從分子到細胞，再從細胞到細胞器官。
- 探求蛋白質方式的高度化
- 大分子分析
- X 光結晶學/HTX/NMR
- 基於蛋白質立體結構的藥物替代探求
5. 分子的相互作用與模擬藥物開發
- In Silico 藥物開發的概念
- 分子異速成長(相對成長測定)
6. 近代的整合:全部集約
- In Dustrio 藥物開發與 In Silico 藥物開發
- 病毒的攻擊(HIV、皰疹病毒、SARS)
- 類固醇荷爾蒙受體
- 酪胺酸激脢
- Cystine-Knot 成長要素
- 藥物的結構與目標
7. 未來預測
- 基於分子立體結構的藥物設計
- 獨創目標
- 視野要廣並且要有遠瞻性
- 藥物開發設計
